（一）员工执行规章制度，存在盲区风险
综合柜员制强调单人临柜，柜员可以独立为客户办理本外币对公、储蓄、信用卡等多种
金融业务，这就要求柜员对这些业务的规章制度比较熟悉，能够全面掌握并运用于工作实践中。而商业银行长期以来会计人员与储蓄人员之间的岗位交流开展甚少，有的只熟悉本岗位业务，对其他岗位的业务知识缺乏实践经验，这势必导致综合柜员由于规章制度不熟而产生操作风险。
（二）员工柜面操作，存在系统流程风险
综合柜面系统取消了复核制度，这就要求柜员对柜面系统的交易和业务处理流程非常熟悉，知道什么交易实现什么功能，什么业务适用什么交易，该采取怎样的业务处理方式。如果对交易和业务处理流程不熟，势必在工作中会出现用错交易、走错流程的现象。交易、流程一旦错误，会计分录也跟着错误，资金流向也发生错误，由此带来风险。
（三）员工岗位管理模式，存在道德和操作风险
与原来强调“人员分离”的风险控制观念不同，综合柜员在风险控制方面注重强调“岗位分离”，即设置柜员、综合柜员、业务主管三个岗位，通过同一业务在岗位之间的相互制约来达到风险控制目的。如果在工作中不严格按照岗位制约的要求将二分管或三分管的业务在不同岗位之间进行分工，譬如将银行汇票、汇票专用章、压数机和密押器交于一人保管，就很难控制个别人乘机作案的风险，由此造成银行资金损失。
（四）IC卡和密码口令，存在管理不善风险
综合柜面系统通过IC卡进行柜员身份认证，也通过IC卡实现授权和岗位制约。如果柜员在工作中不注意保管好自己的IC卡和口令密码，将IC卡随意乱放，输入密码时不谨慎被他人偷看，不定期修改密码，甚至将口令密码告知他人，那么，就很容易被不法分子有机可乘，给银行带来资金损失。
（五）执行授权制度，存在执行不力风险
综合柜面系统的业务授权管理采取“系统和人工相结合”的方式进行。系统授权是指系统根据以标准参数形式设置的授权条件自动判断出需要授权的业务，并提示授权人通过划卡并输入密码的方式进行授权；人工授权是指对于实际管理要求高于系统设置的最高授权权限范围的业务，应由授权人通过对有关凭证进行审核签字的方式进行授权的行为。如果在实际工作中不严格按授权管理的规定执行，该由人工授权的业务未经有权人签字授权，该由系统授权的业务，授权人未将柜员录入要素与原始凭证核对，甚至将IC卡直接交于他人，由他人代行授权职责，那么，同样会给银行带来风险甚至资金损失。
