一、一般问题
1.股权比例问题
对于企业股权比例设置的问题，为了避免公司在运营中陷入僵局，在设立公司时应设计较为合理的股权比例。创业之初，如果只有一个股东，即可成立一人有限责任公司，100%拥有股权。如果是2个或以上股东一起成立有限责任公司，2人持股比例尽量避免50%：50%，3人尽量避免33%：33%：34%。2名以上股东的公司，要对公司具有绝对的控制权，那么持股比例需要超过2/3。
2.同股同权或同股不同权问题
《公司法》第43条规定：股东会会议由股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。第44条规定：股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
可以明显看出公司法将实施“同股同权”还是“同股不同权”的权利交由公司章程来约定，所以企业在设立或者增资时，应考虑公司的实际经营情况合理的设计公司章程。
3.红利分配、增资认缴问题
实践中，是否参与公司的实际运营会影响到股东的分红比例，同时，公司法赋予企业对于分红权的自治权利。公司法第34条规定：有限责任公司股东按照实缴的出资比例分取红利;公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
对红利分配、增资认缴的约定，公司法并未要求必须在公司章程中体现。实务中，可以在公司章程中约定，也可以由全体股东以其他方式约定。但是，考虑到工商、税务、审计等部门执法水准以及对法律理解的差异，稳妥起见，建议一并在公司章程中约定清楚，可以节省众多不必要的解释、沟通工作。
二、特殊性问题
(一)股权转让设计的问题
《公司法》第71条第4款关于“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”的规定，有限责任公司章程可以自由约定对股份转让的限制。
1.禁止股权转让的问题
案例：常州百货大楼股份有限公司与常州市信和信息咨询有限公司、常州市希慎企业管理策划有限公司、常州太古商贸有限公司、常州惠泽商贸有限公司股权转让纠纷案[案号：(2005)苏民二终字第198号]
法院认为：在立法未明确允许公司章程可就股份转让作出限制且未提供救济渠道的情况下，百货公司章程仅对股份转让作了限制，且无正当理由，更无相应的救济措施，这使得百货公司可以不需任何理由地拒绝股东的股份转让请求，构成对股份转让的变相禁止，不符合股份有限公司的资合性特征及相关立法精神。综上，是否允许股份有限公司以章程限制股份转让属于立法政策问题，除非立法有明文规定，否则司法不宜肯定。现行公司立法未明文许可股份有限公司可以章程限制股份转让，相反却规定“股份可以依法转让”，在此情形下，除非公司章程本身提供了相应的救济手段，否则认可其效力将使得拟转让股份的股东丧失救济渠道，与股份有限公司的特性及立法精神相违。
2.共有股权分割的问题。
3.强制股权转让问题，即“股随岗变”。
(二)股权继承设计的问题
《公司法》第75条：自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格;但是，公司章程另有规定的除外。
案例：童丽芳等诉上海康达化工有限公司股东权纠纷案[案号：上海市浦东新区人民法院(2007)]
法院认为：公司章程是调整一个公司所有股东之间、股东与公司之间法律关系的必备性文件，它是股东意思自治的体现，但章程的自治性是相对的，它以不违反法律、行政法规强制性规定为前提。
《公司法》第七十六条规定：“自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格;但是，公司章程另有规定的.除外。”法院认为，基于公司所具有的人合性，法律允许公司章程对已故股东的继承人成为公司股东设置一定的限制条件。然而一旦章程规定继承人可以继承死亡股东的股东资格，则该继受取得资格的股东就应当依法享有法律所赋予的股东权利，而不应当对其股东权利加以随意限制。
关联交易中少数股东利益保护
由于关联交易是发生在关联方之间的交易，关联交易双方相互了解，彼此信任，出现问题易于协调解决，交易能高效、有序地的进行，对于优化企业资本结构，提高资产盈利能力，及时筹措资金，降低投资机会成本，提高营运资金效率，保证企业生产经营快速发展，无疑是具有相当积极作用。但与此同时，关联交易也存在不少问题，我们应看到，在关联交易中，存在着不少不等价交易及虚假交易，损害了少数股东权益甚至出现一些上市公司利用不等价的关联交易，蓄意操纵公司业绩，配合非法分子进行内幕交易及操纵股价等欺诈行为。
少数股东又该如何在上述的关联交易中维护自身权益呢?
一、行使知情权，查清资金流向。
二、股东代表公司或直接提起请求确认交易行为无效、撤销交易行为或损害赔偿的诉讼。